毛細管電泳是一類以毛細管為分離通道、以高壓直流電場為驅動力的新型液相分離技術。毛細管電泳實際上包含電泳、色譜及其交叉內容，它使分析化學得以從微升水平進入納升水平，并使單細胞分析，乃至單分子分析成為可能。
電流不穩定？基線玩漂移?譜圖沒有峰只有“包”？怎么辦？
換緩沖液。
換個干凈的磨口瓶重新配置一份緩沖液，超聲15分鐘，換個新的注射器和濾頭，再制備一份緩沖液進樣，好多時候你會發現基線又重新走成直線了。
換樣品。
蛋白放久了會變性，有的高分子時間稍久會聚集，還有的樣品容易和管壁發生吸附。遇到這些情況就要考慮重新配樣品了，有時樣品很貴還要割愛呦！還有一種情況就是樣品純度達不到要求，比如生化純的樣品用毛細管電泳跑出來兩個峰的情況很正常。
換管子。
電泳又“current leakage”了，沖洗很久也沒解決問題怎么辦？這個時候就要拆下毛細管看是不是管子已經斷了，尤其要注意檢測窗口這個整根管子的最薄弱環節。
換瓶塞。
瓶塞老化后會變硬，電極在插入樣品瓶時若戳在硬塞子上就很容易折彎，還有就是塞子與瓶子不配套時也會有同樣的后果。塞子上殘留的液體還會引起電流泄漏和壓力加不上去的問題。
洗柱子：樣品出峰時間逐漸延長，前后兩針的峰面積差許多，或者是峰形一下變得慘不忍睹了怎么辦？
用強的沖洗條件(比如高濃度的堿，延長沖洗時間，甚至提高沖洗時的柱溫等)沖下柱子吧，好多時候都會有效的。沖洗之后最好用緩沖液多平衡一些時間，畢竟管子表面的荷電情況相當于重新“洗牌”了呀！
洗電極。
beckman的機器的電極是裸露在外面的，有些樣品(尤其是生化樣品)很容易在電極上發生吸附，還有的鹽分會在電極上析出，這些都會使重現性變差。找一些干凈的濕酒精棉布擦一下就可以了，忌用紙巾免得引入新的污染源-纖維。
洗瓶子。
瓶子里殘留的少量可溶性雜質也會對分離產生影響。有一次瓶子沒洗干凈就匆忙進樣了，結果連基線都跑不平，折騰了小半天才發現幾乎每個瓶子的瓶口都有一圈若隱若現的白圈(洗潔精的殘留物)。
重新把瓶子超聲烘干重新過濾緩沖，在上機器基線就又平穩了。
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